พิพิธภัณฑ์แห่งนี้ตั้งอยู่ในเขตมินามิคายะเบะทางตอนเหนือของฮาโกดาเตะ โดยมีจุดประสงค์เพื่อให้ประชาชนรู้จักวัฒนธรรมโจมง ในพิพิธภัณฑ์มีการจัดแสดงเครื่องหิน เครื่องดินเผา และเครื่องประดับต่างๆ รวมถึงสมบัติของชาติอย่างฉุคุ-โดกุ (รูปปั้นดินเหนียวด้านในกลวง) ซึ่งสร้างขึ้นเมื่อ 3,500 ปีมาแล้ว