大船遺跡與垣之島遺跡距離約10分鐘車程。在這裡發現了數量龐大的居住遺跡,時間大約是5500~4000年前左右。本項遺跡於2021年7月被登錄成為聯合國教科文組織的世界文化遺產。

大船遺跡的特徵是巨大的居住遺跡。大型的遺跡甚至超過直徑10公尺,深度2公尺以上。除此之外,還發現不同時代的居住遺跡層層相疊,由此可以判斷曾經長時間在此居住。