垣之岛遗迹与展示国宝的“函馆市绳文文化交流中心”博物馆相邻。目前可以确认在9000至3000年前间有部落在此长期生活，是相当珍贵的遗迹。本遗迹于2021年7月成功登录联合国教科文组织世界文化遗产。

这个遗迹最大的特征是U字形（U-shaped）的土堆遗迹。长度190米、宽度120米，是日本最大的遗迹。在土堆当中除了发现土器以及石器之外，还有被推测为可能是坟墓的洞穴。遗迹内中央处有类似棒球场投手丘模样的小高地，推测可能是用来祈祷的特别场所。